Beide monumentale kerken zijn met grote regelmaat het sfeervolle decor voor concerten en muzikale uitvoeringen. Soms in de Nieuwe Kerk, soms in de Oude Kerk en soms – heel intiem – voor een klein gezelschap in de doopkapel van de Oude Kerk. Bekend onder liefhebbers is de jaarlijkse reeks zomerconcerten op donderdagavond. Vanzelfsprekend hebben de historische orgels van beide kerken in al deze concerten vaak de ‘boventoon’, bespeeld door organisten van naam. Grote en bekende gezelschappen kiezen deze kerken bovendien voor hun uitvoering van de Matthäuspassion of het Weihnachtsoratorium. Uniek was in 2022 de première van de Jonge Matteus en een uitvoering van de Passion Delft, beide in één weekeinde voorafgaand aan Pasen. Ook in de Lutherse Kerk aan het Noordeinde vinden regelmatig concerten plaats.